Im Jahr 2000 wude das Musem Judenplatz als zweiter Standort des Jüdischen Museums Wien eröffnet und das Mahnmal für die Opfer der Schoa am Judenplatz enthüllt. In den unterirdischen Museumsräumlichkeiten sind das Fundament der Synagoge, Reste der Bima (das ist der Platz in er Synagoge, an dem aus der Thora gelesen wird) und ausgewählte Grabungsfunde zu sehen.
Der Judenplatz ist für die Wiener jüdische Geschichte von außerordentlicher Bedeutung, da sich dort im Mittelalter das Zentrum jüdischen Lebens befand.
Dies zeigt auch die Dauerausstellung über das Wiener Judentum im Mittelalter, die im November 2010 im Museum Judenplatz eröffnet wurde. Dieser zweite Standort das Jüdischen Museums Wien wurde kurz nach dem Amtsantritt von Danielle Spera generalsaniert